يشكل مجلس النقابة لجان محلية وفرعية تساعده في القيام بالمهام الموكلة اليهم وهي :-
* اللجان
المحلية والتي تعنى بالقضايا التي تهم كل قطاع على حدة /
- لجنة الصيادلة اصحاب الصيدليات
- لجنة الصيادلة اصحاب المستودعات
- لجنة الصيادلة الموظفين
- لجنة اساتذة الجامعة
* اللجان
المهنية /
- اللجنة العلمية
- اللجنة الاجتماعية
- اللجنة الاعلامية
- لجنة المجلة
- لجنة اتحاد الصيادلة الدولي
- لجنة اتحاد الصيادلة العرب
- لجنة شئون الصيدلانيات
- لجنة مقاومة التطبيع
- لجنة فلسطين
- لجنة ادارة الاستثمار
- لجنة الاستثمار
* اللجان الفرعية /
- اللجنة الفرعية لصيادلة اربد
- اللجنة الفرعية لصيادلة الزرقاء
- اللجنة الفرعية لصيادلة المفرق
- اللجنة الفرعية لصيادلة السلط
- اللجنة الفرعية لصيادلة العقبة
- اللجنة الفرعية لصيادلة مادبا
- اللجنة الفرعية لصيادلة الكرك
- اللجنة الفرعية لصيادلة الرصيفة وياجوز
- اللجنة الفرعية لصيادلة جرش