يشكل مجلس النقابة لجان محلية وفرعية تساعده في القيام بالمهام الموكلة اليهم وهي :-

* اللجان المحلية والتي تعنى بالقضايا التي تهم كل قطاع على حدة /

    1. لجنة الصيادلة اصحاب الصيدليات
    2. لجنة الصيادلة اصحاب المستودعات
    3. لجنة الصيادلة الموظفين
    4. لجنة اساتذة الجامعة

* اللجان المهنية /

    1. اللجنة العلمية
    2. اللجنة الاجتماعية
    3. اللجنة الاعلامية
    4. لجنة المجلة
    5. لجنة اتحاد الصيادلة الدولي
    6. لجنة اتحاد الصيادلة العرب
    7. لجنة شئون الصيدلانيات
    8. لجنة مقاومة التطبيع
    9. لجنة فلسطين
    10. لجنة ادارة الاستثمار
    11. لجنة الاستثمار

* اللجان الفرعية /

    1. اللجنة الفرعية لصيادلة اربد
    2. اللجنة الفرعية لصيادلة الزرقاء
    3. اللجنة الفرعية لصيادلة المفرق
    4. اللجنة الفرعية لصيادلة السلط
    5. اللجنة الفرعية لصيادلة العقبة
    6. اللجنة الفرعية لصيادلة مادبا
    7. اللجنة الفرعية لصيادلة الكرك
    8. اللجنة الفرعية لصيادلة الرصيفة وياجوز
    9. اللجنة الفرعية لصيادلة جرش